Ο δεύτερος κύκλος αυτής της επιτυχημένης σειράς ξεκινάει με τον McGarret να βρίσκεται στη φυλακή. Ο Danny του φέρνει έναν επισκέπτη-έκπληξη που θα τον βοηθήσει να ξεμπλέξει, ενώ η Kono βρίσκεται σε αναστολή από τα καθήκοντα της.
Ο κυβερνήτης Denning αναθέτει στον αξιωματικό Lori Weston να βεβαιωθεί ότι ο McGarret και η ομάδα του τηρούν τους νέους κανόνες που τους επέβαλε. Στο μεταξύ η ομάδα ερευνά την απαγωγή ενός έφηβου, ενώ συνεχίζεται η ανάκριση της Kono.
Ο McGarrett πείθει τον Max να ξανακάνει την αυτοψία σε έναν βατραχάνθρωπο που υποτίθεται ότι είχε αυτοκτονήσει, ενώ νέα στοιχεία δείχνουν τελικά ότι κάποιος τον σκότωσε. Ο Chin Ho ανησυχεί για την Kono, που κάνει παρέα με 'βρώμικους' αστυνομικούς.
Η ομάδα ερευνά την δολοφονία ενός πλούσιου ιδιοκτήτη εστιατορίου. Ο Mc Garret ζητά τη βοήθεια της πρακτόρου Kensi Blye από την ομάδα του NCIS Λος Άντζελες για να μπορέσει να αποκρυπτογραφήσει ένα βίντεο που αφορά τον πατέρα του.
Ένα ζευγάρι που γύριζε ένα ανατριχιαστικό ντοκιμαντέρ σχετικά με έναν αρχαίο τόπο ταφής βρίσκεται δολοφονημένο. Η ομάδα κατά την διερεύνηση της δολοφονίας φαίνεται να απειλείται από μία κατάρα.
Η ομάδα ανακαλύπτει ένα πτώμα στο πορτ μπαγκαζ ενός κλεμμένου αυτοκινήτου. Το πρόβλημα που αντιμετωπίζουν με αυτή την υπόθεση δεν είναι μόνο να βρουν και να συλλάβουν τον δολοφόνο, αλλά να βρουν και ποιος είναι το θύμα.
Ο McGarret χρειάζεται επειγόντως την βοήθεια της ομάδας του όταν αντιμετωπίζει μία δύσκολη κατάσταση στην Βόρεια Κορέα που έχει πάει για να παραδώσει λύτρα στους επαναστάτες που κρατούν όμηρο τoν αρραβωνιαστικό της Jenna.
Ο McGarret και η ομάδα του 5-0 ψάχνουν να βρουν τους απαγωγείς ενός σχολικού λεωφορείου γεμάτο παιδιά και δίνουν μάχη με το χρόνο για να ικανοποιήσουν τα αιτήματα των απαγωγέων πριν είναι πολύ αργά.
Την παραμονή του γάμου του Chin Ho, η ομάδα ερευνά τη δολοφονία ενός άντρα που βρέθηκε εγκαταλελειμμένος σε κάτι καρβουναποθήκες του 2ου Παγκοσμίου Πολέμου. Η υπόθεση αυτή φαίνεται να διασταυρώνεται με την υπόθεση μιας δολοφονημένης γυναίκας, που ερευνά ο Capt. Fryer.
Η ομάδα πρέπει να εξιχνιάσει τη δολοφονία μία έφηβης κοπέλας. Όταν τα στοιχεία δείχνουν ότι ο φόνος είναι δουλειά επαγγελματία δολοφόνου πρέπει πριν τον αναζητήσουν να καταλάβουν για ποιο λόγο τον προσέλαβαν.
Ο McGarret σοκάρεται όταν ο Chin Ho του μεταφέρει κάποιες αλήθειες για τον Joe White. Στο μεταξύ ο Danny βοηθάει την πρώην γυναίκα του να φέρει στον κόσμο το παιδί ενός άλλου.
Η ομάδα 5-0 εμπλέκεται σε μία υπόθεση που παραλίγο να δημιουργήσει διεθνές διπλωματικό επεισόδιο. Ο Κυβερνήτης Denning είναι τόσο δυσαρεστημένος και σε τόσο δύσκολη θέση ώστε τώρα απειλείται το μέλλον τόσο της ομάδας όσο και η δουλειά του καθενός ξεχωριστά.
Η ομάδα ερευνά την δολοφονία ενός άντρα που είναι ντυμένος με την παραδοσιακή χαβανέζικη πολεμική στολή. Το πτώμα βρέθηκε σε ένα δάσος πολύ κοντά στο μέρος που λαμβάνουν χώρα αναπαραστάσεις αρχαίων πολεμικών μαχών.
Στα πόδια της ομάδας μπλέκεται ένας συνταξιοδοτημένος Νεοϋορκέζος ειδικός στις βόμβες, όταν καλούνται να λύσουν μία δολοφονία ενός πολύ διάσημου 'πειρατή' του ραδιοφώνου.
Ένα ξαφνικό τηλεφώνημα ενημερώνει τον McGarret ότι η αδερφή του κρατείται στο τμήμα για παράνομη κατοχή διαμαντιών αξίας 20εκ. δολαρίων... Για να μπορέσουν να βρουν τι συμβαίνει, πρέπει να συνεργαστούν με έναν πρώην κατάδικο που χόμπι του ήταν η παράνομη διακίνηση διαμαντιών!
Μία υπόθεση δολοφονίας ταράζει τον Max όταν η έρευνα δείχνει ότι ο τρόπος δολοφονίας είναι και ο τρόπος που σκότωνε τα θύματά του ένας δολοφόνος που υποτίθεται ότι βρίσκεται ήδη στη φυλακή. Για να ανοίξει πάλι την υπόθεση αναγκάζεται να αποκαλύψει στοιχεία της προσωπικής του ζωής.
Η ομάδα 5-0 συνεργάζεται με την ομάδα του NCIS Λος Άντζελες προσπαθώντας να περιορίσουν το ξέσπασμα ενός θανατηφόρου ιού τόσο στα νησιά της Χαβάης όσο και στην ενδοχώρα.
Ο McGarrett επιτέλους κατάφερε και συνέλαβε τον αιώνιο εχθρό του Wo Fat. Πριν όμως προλάβει να τον ανακρίνει μαθαίνει ότι και αυτός και ο Wo Fat βρίσκονται στο στόχαστρο της Ιαπωνικής Yakuza που τους θέλει και τους δύο νεκρούς και τους έχει πλησιάσει επικίνδυνα.
Η ομάδα καταδιώκει έναν ένοπλο ο οποίος πυροβόλησε και τραυμάτισε σοβαρά έναν από την ομάδα. Στο μεταξύ, ένα άλλο μέλος της ομάδας καλείται να πάρει μία απόφαση ζωής, όταν θα πρέπει να επιλέξει ποιο από τα δύο αγαπημένα του πρόσωπα θα ζήσει.
