Αφού η ομάδα δεν μπορεί να βρει ποιος δρα ως πληροφοριοδότης στο τμήμα, ο Υφυπουργός Άμυνας Corbin Duggan επιμένει ότι πρέπει να αλλάξει η αρχηγία και παίρνει τα ηνία από τη Hetty και τον Granger.
Αφού η ομάδα δεν μπορεί να βρει ποιος δρα ως πληροφοριοδότης στο τμήμα, ο Υφυπουργός Άμυνας Corbin Duggan επιμένει ότι πρέπει να αλλάξει η αρχηγία και παίρνει τα ηνία από τη Hetty και τον Granger.
Η ομάδα ερευνά μια υπόθεση απαγωγής ενώ της λείπουν δύο μέλη, με τη Hetty να βρίσκεται στην Ουάσινγκτον για ανάκριση και το άλλο μέλος να συνεχίζει να βρίσκεται στην εντατική μετά την αποστολή του στη Συρία.
Όταν ένας πράκτορας της υπηρεσίας Εσωτερικής Ασφάλειας δηλητηριάζεται από έναν διαβόητο δολοφόνο των Triads, η ομάδα ανακαλύπτει μια αποθήκη με τσάντες-μαϊμού και μια υπόθεση χρημάτων που φτάνει μέχρι κλεμμένα κυβερνητικά κονδύλια.
Ο Callen βρίσκεται σε μυστική αποστολή ως ασθενής σε ψυχιατρική κλινική για να βρει έναν πράκτορα της Υπηρεσίας Εθνικής Ασφάλειας ο οποίος εξαφανίστηκε ενώ καταδίωκε μέλος του ISIS που επιχειρούσε να διασχίσει τα σύνορα.
Όταν ένας φοιτητής που είχε σχεδιάσει ένα ηλεκτρομαγνητικό όπλο για το Ναυτικό δέχεται επίθεση, η ομάδα ανακαλύπτει σχέσεις με διεθνείς πολεμικές επιχειρήσεις.
Όταν μια άγνωστη δολοφόνος σκοτώνει δύο άντρες ντυμένους ως αστυνομικούς μπροστά στο σπίτι του Callen, η ομάδα ανακαλύπτει ένα νέο στοιχείο για την τρέχουσα έρευνα κατασκοπείας μέσα στην ομάδα.
Η ομάδα γιορτάζει μαζί τα Χριστούγεννα ενώ ερευνά την εξαφάνιση ενός Πλωτάρχη του Ναυτικού ο οποίος συνεργαζόταν με την Υπηρεσία Εθνικής Ασφάλειας σε μια υπόθεση διεθνών κυβερνο-απειλών.
Όταν ένας έφεδρος του Ναυτικού σκοτώνεται ενώ προστατεύει έναν δημοτικό σύμβουλο της πόλης, ο Sam ξεκινά μυστική αποστολή σε μια ιδιωτική εταιρεία σεκιούριτι που σχετίζεται με διάφορες εγκληματικές οργανώσεις.
Ο κατάσκοπος στο εσωτερικό του NCIS για άλλη μια φορά ανακαλύπτει τα ψεύτικα ενοχοποιητικά στοιχεία της ομάδας, κάτι που οδηγεί στη σύλληψη των Callen, Sam, Granger και Deeks, την ίδια μέρα που ο υφυπουργός Duggan επιστρέφει για την παραίτηση της Hetty.
Η ατμόσφαιρα είναι ηλεκτρισμένη για την ομάδα καθώς ένας πράκτορας κρατείται σε άγνωστη τοποθεσία και βασανίζεται από τον κατάσκοπο, ενώ ένας άλλος ανακαλύπτει ότι έχει προδοθεί από τον πιο απρόσμενο άνθρωπο.
Όταν ένας ένοικος σε γηροκομείο απάγεται, η ομάδα αποκαλύπτει ένα ζευγάρι απατεώνων, την Ginger και τον Edward O' Boyle, οι οποίοι κοροϊδεύουν ηλικιωμένους για να τους αποσπούν χρήματα.
Όταν κάποιος χακάρει το Υπουργείο Οικονομικών της Αμερικής, οι Nell και Eric ξεκινούν μια μυστική αποστολή στο θέρετρο ενός ζευγαριού για να εντοπίσουν ένα ζευγάρι ειδικών στην τεχνολογία που σχετίζεται με το έγκλημα.
Μετά τη δολοφονία ενός μηχανικού που δούλευε πάνω σε έναν καινούριο κατευθυνόμενο καταστροφέα οβίδων, ο Callen και ο Sam ξεκινούν μια μυστική αποστολή για να εντοπίσουν τον συνεργάτη του σε ένα αεροπλάνο με προορισμό το Τόκιο στο οποίο βρίσκεται για να πουλήσει τις εμπιστευτικές πληροφορίες.
Η ομάδα ερευνά μια κατασκευάστρια αμυντικού εξοπλισμού, τη Rebecca Larmont, η οποία σχεδιάζει ένα πυρηνικό όπλο, όταν ο εν διαστάσει σύζυγός της ισχυρίζεται ότι έχει στοιχεία που αποδεικνύουν ότι η Rebecca πουλάει μυστικά του Ναυτικού σε ξένες κυβερνήσεις.
Όταν ένας ευυπόληπτος Υποπλοίαρχος απάγει έναν υπάλληλο του τμήματος Υποθέσεων για Βετεράνους ο οποίος κλέβει κονδύλια, η ομάδα πρέπει να συνεργαστεί με τους πρώην συνεργάτες της Hetty από τον πόλεμο στο Βιετνάμ για να λύσουν την υπόθεση.
Μια έρευνα για κλοπή χρυσού κάνει την ομάδα να συνεργαστεί με τους παλιούς συνεργάτες της Hetty από τον πόλεμο στο Βιετνάμ, τους Ναυάρχους AJ Chegwidden και Sterling Bridges και τον υποπλοίαρχο Charles Langston.
Όταν η σύζυγος του Sam, Michelle, απάγεται από το σπίτι της, οι απαγωγείς απαιτούν την απελευθέρωση από τη φυλακή του Tahir Khaled, του βασικού αντιπάλου του Sam, ως αντάλλαγμα για να του αποκαλύψουν πού βρίσκεται η γυναίκα του.
Μετά την απαγωγή της γυναίκας του Sam, Michelle Hanna, εκείνος απομακρύνεται από την ομάδα και επιχειρεί να σταματήσει τον αιώνιο αντίπαλό του Tahir Khaled από το να ξαναενοχλήσει την οικογένειά του.
