Εχουν περάσει 18 μήνες από τότε που τα μέλη της ομάδας του FBI χωρίστηκαν υπό αδιευκρίνιστες συνθήκες. Στην έναρξη του τρίτου κύκλου, με αφορμή μια νέα κρίση, η ομάδα συγκεντρώνεται και πάλι.
Καθώς προσπαθεί να προσαρμοστεί στη νέα της δυναμική, τα νέα δεδομένα, και τα νέα τατουάζ, η ομάδα έρχεται αντιμέτωπη με μια άγνωστη δύναμη που επιχειρεί να καταλάβει έναν δορυφόρο.
Ενώ η Τζέιν κι ο Γουέλερ κυνηγούν μια ομάδα επικίνδυνων χάκερ, η Πάτερσον κι ο Ριτς Ντότκομ πρέπει να συνεργαστούν ώστε να κρατήσουν κρυφό ένα σημαντικό μυστικό από το παρελθόν τους.
Η ομάδα αναλαμβάνει μια αποστολή σε ένα κινηματογραφικό πλατό για να αποτρέψει ένα τρομοκρατικό σχέδιο που χρηματοδοτείται από μια απροσδόκητη πηγή. Την ίδια στιγμή, ο Ρόμαν εκβιάζει τον Γουέλερ με ένα μυστικό που αφορά τη Τζέιν.
Αντιμέτωπη με μια απειλή μέσα στους κόλπους του FBI, η ομάδα αναγκάζεται να 'τρέξει' μια μυστική αποστολή από το διαμέρισμα της Τζέιν και του Γουέλερ. Την ίδια ώρα, ένα τατουάζ τούς οδηγεί σε έναν γιατρό με ένα θανάσιμο μυστικό.
Ενώ η ομάδα συνεργάζεται προκειμένου να πιάσει έναν εχθρό, η Τζέιν κι ο Γουέλερ έρχονται αντιμέτωποι με ένα τοξικό μυστικό που απειλεί να τους καταστρέψει.
Μετά τις συγκλονιστικές εξελίξεις του δεύτερου κύκλου και μετά την ανακάλυψη μιας νέας σειράς τατουάζ, η Τζέιν κι ο Γουέλερ επιστρέφουν για να δώσουν απαντήσεις σε νέους γρίφους και να αποτρέψουν επικίνδυνες συνωμοσίες.
Ο Γουέλερ ενώνει τις δυνάμεις του με έναν παλιό συνεργάτη από το FBI στο πλαίσιο μιας επικίνδυνης μυστικής αποστολής. Την ίδια στιγμή, η Ζαπάτα ανακρίνει έναν παλιό εχθρό.
Μια απρόσμενη επίσκεψη της Νας αναγκάζει την ομάδα να κάνει έρευνα σχετικά με μία κλοπή από την υπηρεσία NSA. Στο μεταξύ, σε ένα παιχνίδι πόκερ που διακυβεύονται πολλά, ο Ρόμαν και η Μπλέικ έρχονται πιο κοντά.
Οταν η έρευνά της σχετικά με έναν τατουάζ καταλήγει σε ένα φρικτό περιστατικό, η Πάτερσον προσπαθεί να καταλάβει τί πήγε στραβά. Σύντομα, όμως, συνειδητοποιεί ότι τα πράγματα δεν είναι όπως φαίνονται.
Η ομάδα προσπαθεί να αποφασίσει αν θα εμπιστευτεί έναν κατάδικο ο οποίος έχει στοιχεία για μια επικίνδυνη συνωμοσία. Ο Ρόμαν και ο Κρόφορντ διαφωνούν σχετικά με το πώς πρέπει να χειριστούν μια ευαίσθητη κατάσταση.
Ενώ η θέση του Ριτς στο FBI τίθεται υπό αμφισβήτηση, μία πηγή από τη CIA απειλεί να διαλύσει την ομάδα. Στο μεταξύ, οι Ρόμαν και Κρόφορντ περνούν μια μέρα μαζί υπό παράξενες συνθήκες.
Η ομάδα του FBI και η Εϊβερι παρίστανται σε μια εκδήλωση που διοργανώνει ο στόχος τους, ο Χανκ Κρόφορντ, ελπίζοντας να τον συλλάβουν. Στο μεταξύ, ο Ρόμαν έρχεται ακόμα πιο κοντά με τους Κρόφορντ.
Οταν μαθαίνουν άσχημα νέα που αφορούν τον πατέρα της Εϊβερι, η Τζέιν κι ο Γουέλερ κυνηγούν έναν επικίνδυνο εγκληματία. Στο μεταξύ, ο πατέρας της Πάτερσον βοηθά την ομάδα, και, φυσικά, και την κόρη του, στο εργαστήριο.
