Στην πρεμιέρα του 2ου κύκλου, η ηθική του Γκόρντον αρχίζει να χαλαρώνει αφού, έπειτα από μια αναδιοργάνωση στο τμήμα, ζητά τη βοήθειά του Πιγκουίνου, του Βασιλιά του Γκόθαμ. Στο μεταξύ, ο Μπρους εξερευνά τα μυστικά του πατέρα του.
Μετά την επανατοποθέτησή του, ο Γκόρντον αναλαμβάνει να εντοπίσει τους κρατούμενους που απέδρασαν από το άσυλο Αρκαμ. Ο Γκάλαβαν σχεδιάζει την επόμενη κίνησή του και ο Μπρους ζητά τη βοήθεια ενός παλιού φίλου του πατέρα του.
Ο Γκόρντον κι ο Μπούλοκ εντοπίζουν έναν εχθρό από το παρελθόν που οδηγεί σε αντιπαράθεση τον Τζερόμ και τον Γκόρντον. Στο μεταξύ, μία παράσταση μαγικών στο γκαλά του Παιδιατρικού Νοσοκομείου του Γκόθαμ καταλήγει σε κατάσταση ομηρίας.
Ο Ναθάνιελ Μπαρνς καλείται στο καθήκον για να συστήσει μία νομοταγή ομάδα δράσης, με τη βοήθεια του Γκόρντον. Στο μεταξύ, ο Πιγκουίνος κάνει ένα θέλημα για τον Γκάλαβαν και ο Νίγκμα ζητά από την Κρινγκλ να βγουν ραντεβού.
Ο Γκάλαβαν κι ο Πιγκουίνος ενώνουν τις δυνάμεις τους με μια επικίνδυνη οικογένεια του Γκόθαμ.Καθώς όμως ο ανταγωνισμός μεταξύ των Γουέιν και των Γκάλαβαν έρχεται ξανά στην επιφάνεια, ο Γκόρντον προσπαθεί διατηρήσει την τάξη στην πόλη.
Αφού ενώνεται και πάλι με τα αδέλφια της, η Μπρίτζιτ Πάικ ξαναβρίσκει το κουράγιο της. Στο μεταξύ, η σχέση της Κρινγκλ και του Νίγκμα προχωρά ενώ ο Πιγκουίνος και ο Γκάλαβαν συνεχίζουν τη μάχη για τον έλεγχο του υποκόσμου του Γκόθαμ.
Ο Μπουτς οδηγεί τον Πιγκουίνο και τους άνδρες του στην αποθήκη που κρατά τη μητέρα του Πιγκουίνου. Ο Πιγκουίνος ετοιμάζει την εκδίκησή του εις βάρος του Γκάλαβαν και ο Νίγκμα έρχεται αντιμέτωπος με τις συνέπειες ενός φονικού ατυχήματος.
Πριν τον Μπάτμαν, υπήρχε... το Γκόθαμ! Η σειρά ακολουθεί την πορεία του γενναίου αστυνομικού Τζέιμς Γκόρντον, σε μια πόλη βυθισμένη στην παρανομία, κι αφηγείται το χρονικό της "γέννησης" του Σκοτεινού Ιππότη.
Ενώ συνεχίζει να καθαρίζει την πόλη, ο Γκόρντον έρχεται αντιμέτωπος με έναν από τους πιο επικίνδυνους εκτελεστές. Ο Νίγκμα κι ο Πιγκουίνος συναντιούνται ξανά κι ο Μπρους πιέζει τον Γκάλαβαν να αποκαλύψει τον δολοφόνο των γονιών του.
Ο Γκόρντον έρχεται αντιμέτωπος με έναν ύποπτο που έχει σχέση με τον Γκάλαβαν αλλά δεν καταφέρνει να πάρει κάποια νέα πληροφορία. Στο μεταξύ, ο Μπρους πλησιάζει όλο και περισσότερο στο να μάθει ποιος είναι ο δολοφόνος των γονιών του.
Μετά την απαγωγή του Μπρους Γουέιν, ο Γκόρντον ζητά βοήθεια από μερικούς απροσδόκητους αλλά και επικίνδυνους συμμάχους. Η άγρια μάχη, όμως, δεν λήγει χωρίς απώλειες.
Ο Πιγκουίνος ενοχοποιείται για την δολοφονία του Γκάλαβαν αλλά δε θα αφήσει τον Γκόρντον να ξεφύγει εύκολα. Ο Γκόρντον και ο Μπούλοκ ερευνούν την ανεξέλεγκτη δράση του Βίκτορ Φράις, ενός από τους πιο διαπρεπείς μηχανικούς κρυογονικής.
Συνεχίζοντας την αναζήτηση για τον Βίκτορ Φράις, ο Γόρντον, ο Μπούλοκ και ο Μπαρνς ζητούν βοήθεια από τη σύζυγό του. Ο Πιγκουίνος γνωρίζει τον Στρέιντζ κι ο Αλφρεντ δίνει στον Μπρους σημαντικές πληροφορίες για το δολοφόνο των γονιών του.
Ο Αλφρεντ και η Σελίνα βοηθούν τον Μπρους να εντοπίσει τον δολοφόνο των γονιών του. Στο μεταξύ, ο Γκόρντον και ο Νίγκμα συνεχίζουν την αναζήτησή τους για την Κρίστεν Κρινγκλ κι ο Χιούγκο Στρέιντζ συνεχίζει τη θεραπεία με τον Πιγκουίνο.
Ο Γκόρντον κι ο Μπούλοκ ερευνούν τα στοιχεία από τη ληστεία ενός μουσείου, τα οποία άφησε ο Νίγκμα επίτηδες σε ένα επικίνδυνο παιχνίδι γάτας-ποντικιού. Το παρελθόν στοιχειώνει τον Γκόρντον ενώ ο Πιγκουίνος γνωρίζει τον πατέρα του.
Μετά την προστατευόμενη κράτηση, ο Γκόρντον έρχεται αντιμέτωπος με νέες απειλές και κινδύνους στη φυλακή. Ο Πιγκουίνος έρχεται πιο κοντά με τον πατέρα του ενώ η μητριά του και τα ετεροθαλή αδέλφια του έχουν τα δικά τους σχέδια.
Σε μια προσπάθεια να καθαρίσει το όνομά του, ο Γκόρντον κλέβει το φάκελο της υπόθεσής του και προσεγγίζει τον Νίγκμα για βοήθεια. Στο μεταξύ, ο Πιγκουίνος ανακαλύπτει το ρόλο που έπαιξε η θετή του οικογένεια στο θάνατο του πατέρα του.
Φεύγοντας από το Αρκαμ, η Μπάρμπαρα επιχειρεί να επανορθώσει την κατάσταση με τον Γκόρντον. Την ίδια στιγμή, ο Μπρους και ο Αλφρεντ εντοπίζουν έναν από τους παλιούς φίλους του Τόμας Γουέιν αλλά ο Χιούγκο Στρέιντζ τούς χαλάει τα σχέδια.
Ο Γκόρντον κι ο Μπρους αμφισβητούν τον καθηγητή Στρέιντζ για το 'Πρόγραμμα Χίμαιρα', γεγονός που οδηγεί τον Στρέιντζ να στείλει τον Γκάλαβαν να αντιμετωπίσει τον Γκόρντον, ενώ ο Νίγκμα ερευνά ποιος πραγματικά είναι ο καθηγητής Στρέιντζ.
Ο Αζραήλ κυκλοφορεί ελεύθερος στο Γκόθαμ πυροδοτώντας τη δίψα του Πιγκουίνου για εκδίκηση. Στο μεταξύ, ο Μπρους επιστρατεύει τη βοήθεια της Σελίνα Κάιλ για να εντοπίσει τον Καθηγητή Στρέιντζ που αποφεύγει τη σύλληψη για τα πειράματά του.
Ανασταίνοντας τη Φις Μούνεϊ, ο Στρέιντζ υποδέχεται ένα γνώριμο πρόσωπο στο Γκόθαμ. Ο Μπρους ανακαλύπτει ότι ένας φίλος κινδυνεύει και συνεργάζεται με τους Γκόρντον, Αλφρεντ και Λούσιους ενώ αποκαλύπτει κι άλλα πειράματα του Στρέιντζ.
Φινάλε δεύτερου κύκλου. Ενώ ο Γκόρντον, ο Μπρους κι ο Λούσιους παραμένουν στο Ιντιαν Χιλ, το Γκόθαμ αντιμετωπίζει μια νέα απειλή καθώς οι συγκρατούμενοι του Χιούγκο Στρέιντζ καταστρώνουν ένα σχέδιο απόδρασης και ξεκινούν τη νέα τους ζωή.
