Με την Παλόμα Ρεϊνόσα να κυκλοφορεί ακόμα έξω, ο Γκιμπς πρέπει να λάβει δραστικά μέτρα για να προστατεύσει όσους αγαπά, στο πρώτο επεισόδιο του όγδοου κύκλου της σειράς.
Η προσπάθεια της ομάδας NCIS να εντοπίσει ένα κορίτσι που έχει πέσει θύμα απαγωγής κινδυνεύει να τιναχθεί στον αέρα από τον αποφασισμένο παππού του ίδιου του κοριτσιού.
Οταν τα κίνητρα πίσω από την επίθεση εναντίον μιας πυροτεχνουργού τη συνδέουν με μια δολοφονία, η ομάδα NCIS ερευνά την πολύ καλά κρυμμένη προσωπική ζωή της.
Διεισδύοντας στο μυαλό μιας λαμπρής επιστήμονα του Ναυτικού, η Αμπι αποκτά εμμονή με την εξιχνίαση της δολοφονίας της, ενώ το τελευταίο καπρίτσιο του Ντινόζο οδηγεί σε ένα ενδιαφέρον Χάλοουιν.
Ο Γκιμπς και η ομάδα NCIS ενώνουν τις δυνάμεις τους με μια πράκτορα της Υπηρεσίας Ερευνών της Ακτοφυλακής για να εξιχνιάσουν τη δολοφονία ενός πεζοναύτη που πυροβολήθηκε σε ένα σκάφος.
Η ομάδα NCIS συνεργάζεται με τον προκάτοχο του Ντάκι για να ξετυλίξει τα γεγονότα που οδήγησαν στη δολοφονία ενός στρατολόγου του Ναυτικού στις σκάλες ενός σχολείου.
Οταν ένας Πεζοναύτης βρίσκεται δαρμένος μέχρι θανάτου στην αυλή του, η ομάδα NCIS προσπαθεί να εντοπίσει την οικογένειά του και να ανακαλύψει το όπλο του εγκλήματος.
Οταν ένας Πεζοναύτης θυσιάζει τη ζωή του για να σώσει τον Υπουργό Αμυνας από μια επίθεση καμικάζι, ο Μακγκί και η ομάδα NCIS αναλαμβάνουν να προστατεύσουν την κόρη του υπουργού που σπουδάζει στις ΗΠΑ.
Ένα κλεμμένο πορτοφόλι φθάνει στα γραφεία του NCIS. Κομμάτια ανθρώπινου ιστού και δόντια, που βρίσκονται στο πορτοφόλι, οδηγούν την ομάδα σε μία νέα αποστολή. Να βρει έναν από τους πιο αδίστακτους δολοφόνους, που έχουν γνωρίσει ποτέ.
Η ομάδα ανακαλύπτει ότι ένας πρώην υπάλληλος του NCIS που βρέθηκε άγρια μαχαιρωμένος μέχρι θανάτου πουλούσε πληροφορίες για το πώς να ληστέψουν μια αποθήκη γεμάτη πολύτιμα αντικείμενα που ανήκαν σε μια γυναίκα καταδικασμένη για απάτη.
Η ομάδα NCIS συνδέει τη δολοφονία ενός αντιπλοιάρχου του Ναυτικού στην Υπηρεσία Πληροφοριών του Υπουργείου Αμυνας με ένα χειρόγραφο που μπορεί να αποτελεί απειλή για την εθνική ασφάλεια.
Προς δυσαρέσκεια του Γκιμπς, η ειδική πράκτορας Μπάρετ επιστρέφει για να ηγηθεί της έρευνας για το θάνατο ενός ναύτη που μπορεί να συνδέεται με μια σειρά από δολοφονίες. Εν τω μεταξύ, η Ζίβα συστήνει επιτέλους στην ομάδα το νέο της φίλο.
Οταν μια κάμερα ασφαλείας του Πενταγώνου καταγράφει τη δολοφονία ενός υποπλοιάρχου του Ναυτικού, η ομάδα NCIS ξεκινά την έρευνα για να εντοπίσει το δράστη που κατέγραψε η κάμερα.
Από τη στιγμή που ο θάνατος ενός πρώην συνεργάτη του συνδέεται με το 'δολοφόνο των λιμανιών', ο Τόνι αρχίζει να κάνει μια αναδρομή στην εποχή που ήταν ντετέκτιβ στη Βαλτιμόρη.
Οι ζωές των μελών του NCIS βρίσκονται σε κίνδυνο όταν έρχονται πρόσωπο με πρόσωπο με το διαβόητο "δολοφόνο των λιμανιών", στο τελευταίο επεισόδιο του όγδοου κύκλου της σειράς.