Η Anne Fontaine ξεκινάει στον χώρο του κινηματογράφου ως ηθοποιός δίπλα στον Patrick Bruel στην ταινία P.R.O.F.S. Αρχίζει να σκηνοθετεί στο θέατρο, μεταξύ άλλων τον Fabrice Luchini στην ανάγνωση του Ταξιδιού στην άκρη της νύχτας του Céline στο θέατρο Renaud Barrault το 1986.
Και τότε από την υποκριτική περνάει στη σκηνοθεσία.
Τα ζευγάρια και τα ερωτικά τρίγωνα αποτελούν τον βασικό καμβά στη δουλειά της, όπως φαίνεται από τις ταινίες Les histoires d’amour finissent mal... en général (βραβείο Jean Vigo το 1993) και το Nettoyage à sec.