Ο Τζώνης Καλημέρης έχει διατελέσει διοικητικό στέλεχος των μεγάλων ιδιωτικών καναλιών, αλλά και της κρατικής τηλεόρασης.
Ξεκίνησε από το MEGA, ως υπεύθυνος των ελληνικών παραγωγών, έφτασε να γίνει διευθυντής προγράμματος, μέχρι που το 1998 παραιτήθηκε.

Κοσμικός στις εμφανίσεις του, μέλος μιας ευρύτερης καλλιτεχνικής παρέας, η οποία εκείνο τον καιρό καθόριζε τα πράγματα (ήταν παντρεμένος και με την ηθοποιό Κοραλία Καράντη), ήταν ο άνθρωπος που εμπιστεύονταν οι δημιουργοί για να καταθέσουν τις προτάσεις τους.

Ξεκινά τον Σεπτέμβριο του 1999 στο STAR, ενώ στο τέλος της ίδιας σεζόν παραιτείται από το κανάλι. Την ίδια εποχή στήνει μια δική του εταιρεία παραγωγής κινηματογραφικών ταινιών (την Bad Movies).
Το 2000 δέχεται πρόταση από τον Σωκράτη Κόκκαλη να αναλάβει μαζί με τους Γιώργο Χουλιάρα και Παύλο Τσίμα το σχεδιασμό ενός καναλιού (το νυν MAGIC).

Το επόμενο διάστημα πηγαίνει στον ΑΝΤ1, σε αντίστοιχη διοικητική θέση. Όταν έφυγε από το Μαρούσι ήταν η εποχή που αποφάσισε να απόσχει αρκετό διάστημα από τα τηλεοπτικά πράγματα.
Μέχρι που το 2002 δέχεται πρόταση από τον τότε πρόεδρο της ΕΡΤ, να αναλάβει τη γενική διεύθυνση της κρατικής τηλεόρασης. Με διάθεση να δουλέψει σε έναν διαφορετικό χώρο από αυτόν της ιδιωτικής τηλεόρασης, προσπαθεί να στήσει μια νέα οργανωτική δομή στη χαώδη ΕΡΤ.

Εν όψει των Ολυμπιακών Αγώνων, η πρόκληση είναι μεγαλύτερη. Όμως, η κάλυψη του μεγάλου αθλητικού γεγονότος ξεκινάει στο κρατικό κανάλι με ένα μεγάλο φιάσκο. Στον αγώνα ποδοσφαίρου της Ελλάδας με τη Νότια Κορέα γίνεται γενικό μπλακ άουτ και οι τηλεθεατές βλέπουν για 25 λεπτά «μαύρο». Την επομένη ο Τζώνης Καλημέρης παραιτείται για λόγους ευθιξίας.

Το 2005 δέχεται πρόταση να αναλάβει επιτελική θέση στον ALPHA. Το πόστο του είναι σημαντικό και ο ίδιος καλείται να ανανεώσει την οργανωτική δομή ενός σπάταλου στις επενδύσεις του καναλιού, που έχει στο δυναμικό του τα μεγαλύτερα ονόματα. Το 2009 υπέβαλε την παραίτησή του στον ALPHA «για προσωπικούς λόγους», όπως ανέφερε η σχετική ανακοίνωση.

Έπειτα ακολούθησε διοικητική θέση στην ΕΡΤ και το 2013 επέστρεψε στον Alpha αναλαμβάνοντας τη θέση του Γενικού Διευθυντή τηλεόρασης. Παράλληλα, θα είναι συντονιστής παραγωγής των ταινιών της Village.