Ο Leonardo da Vinci ξεσκεπάζει μία μυστηρίωδη ομάδα εχθρών ενώ αναγκάζεται να ρισκάρει το μέλλον της Φλωρεντίας, προσπαθώντας να σώσει τον θανάσιμα χτυπημένο Lorenzo de Medici.
Ο Leonardo χρησιμοποιεί μια εξαιρετική εφεύρεση για να κλέψει ένα πλοίο από τον Duke Alfonso της Νάπολης και συνεχίζει την αναζήτηση του για το Book of Leaves.
Χωρίς χάρτες, ο Da Vinci αγωνίζεται να βρει το δρόμο για το Sentinel στην άλλη πλευρά του Ατλαντικού, προκαλώντας τις δεισιδαιμονίες των σκλάβων να ξεσπάσουν σε ανταρσία.
Ο Leonardo και το πλήρωμά του φτάνουν στον Νέο Κόσμο, αλλά συλλαμβάνονται από εχθρικούς Inca. Η ενωμένη πια ομάδα με τους Riario και Nico, αντιμετωπίζει τις τρομερές δοκιμασίες του ηγέτη των Inca, Topa Inca.
Ο Leonardo πρέπει να παντρευτεί την Ima, προκειμένου να εισέλθει στo Vault of Heaven και να ανακτήσει το Book of Leaves. Όμως, πριν λάβει χώρα η τελετή, o Leonardo και o Riario έρχονται αντιμέτωποι με νέες προκλήσεις.
Ο Leonardo και οι σύμμαχοί του, πηγαίνουν στο άκρως επικίνδυνο Vault of Heaven. Εκτός από τους κινδύνους που δοκιμάζουν τη μεγαλοφυΐα του Leonardo, η ομάδα πρέπει επίσης να πολεμήσει έναν εχθρό εκ των έσω.
Ο Da Vinci επιστρέφει στη Φλωρεντία για να βρει τον Δούκα Federico να κυβερνά με σιδηρά πυγμή. Για να τον νικήσει, ο Da Vinci ζητά τη βοήθειά του Carlo, για να εισχωρήσει στο παλάτι των Medici χρησιμοποιώντας μια από τις πιο τολμηρές του εφευρέσεις.
Οδηγημένος από εκδίκηση ο Da Vinci φτάνει στο Otranto, όπου ο Οθωμανικός στόλος είναι έτοιμος να επιτεθεί στην Ιταλία. Ο Sixtus, ο Alfonso και ο Lorenzo πρέπει να ενώσουν τις δυνάμεις τους με τον Da Vinci για να αποκρούσουν την απειλή.
