Μετά από ένα φοβερό αυτοκινητιστικό ατύχημα, ο μυστικός πράκτορας Ethan Burke βρίσκεται στη γοητευτική επαρχιακή πόλη Wayward Pines και σύντομα ανακαλύπτει ότι κάτι δεν πάει καλά.
Ο Ethan προσπαθεί να καταλάβει γιατί ο Sheriff Pope δεν θέλει να τον δει να φεύγει από το Wayward Pines. Ενοχλημένη από την έλλειψη επαρκών πληροφοριών και εξηγήσεων σχετικά με το που βρίσκεται ο Ethan, η Theresa αποφασίζει να τον αναζητήσει.
Ο Ethan δυσκολεύεται με τον νέο του ρόλο στην πόλη. Συνεχίζει να ψάχνει για διέξοδο, ειδικά τώρα που η οικογένειά του είναι στην πόλη και θέλει να τους κρατήσει ασφαλή.
Ο Ethan επισκέπτεται μια μυστική δομή μέσα στην πόλη, όπου μαθαίνει την υπόλοιπη αλήθεια για το Wayward. Στο μεταξύ, η Theresa κάνει τις δικές της έρευνες.
Κουβαλώντας το βάρος της αλήθειας, ο Ethan αποφασίζει να εμπιστευτεί στην Theresa όλα όσα ξέρει. Μια ομάδα ανταρτών αποτελεί απειλή για την επιβίωση της πόλης.
Μετά το χάος που έχουν προκαλέσει στην πόλη, ο Ethan ερευνά την ομάδα των ανταρτών. Μια συγκέντρωση οργανώνεται για να αποσπάσει και να ενώσει τους κατοίκους της πόλης.
Οι αντιδράσεις του Ethan στο περιστατικό με τους αντάρτες έχουν σαν αποτέλεσμα την πόλωση των κατοίκων της πόλης, ειδικά του γιου του και άλλων νέων. Ο Pilcher παίρνει την κατάσταση στα χέρια του, βάζοντας σε κίνδυνο την πόλη και τους κατοίκους της.
Η Pam αντιστέκεται στον Pilcher, ενώ η Megan αλλάζει γνώμη και βοηθά τον Ethan στην προσπάθειά του να οδηγήσει τους κατοίκους της πόλης στην ασφάλεια και την αλήθεια.
