Ο εκκεντρικός δισεκατομμυριούχος Μαξιμίλιαν Βίντερς εξαπολύει τις κοσμικές δυνάμεις μιας θανάσιμης στρατιωτικής μηχανής στην πόλη προκειμένου να προσπαθήσει να "σπάσει" μια αρχαία κατάρα. Τότε ο Λεονάρντο, ο Ραφαέλ, ο Ντονατέλο και ο Μικελάντζελο θα πρέπει για ακόμη μια φορά να βγουν από τον υπόνομό τους και να κερδίσουν τη μάχη του καλού ενάντια στις σκοτεινές δυνάμεις του κακού. Μαζί με τους υπέργειους "συμπατριώτες" τους, 'Ειπριλ Ο'Νιλ και Κέισι Τζόουνς, οι τέσσερις ήρωες θα εμπλακούν σε μια συναρπαστική περιπέτεια!
Τέσσερα μικρά χελωνάκια, μεταλλαγμένα από τα χημικά απόβλητα των υπονόμων, μετατρέπονται σε σούπερ ήρωες. Ο Μικελάντζελο, ο Λεονάρντο, ο Ραφαέλ και ο Ντονατέλο, εκπαιδευμένοι από τον Μάστερ του καράτε, δίνουν τη δική τους μάχη καθημερινά για να σώσουν τον κόσμο από το κακό και το άδικο.
Τα "Χελωνονιντζάκια" επανέρχονται δυναμικά με τη νέα τους περιπέτεια σε μια ταινία για μικρούς και μεγάλους, γεμάτη γέλιο και ασταμάτητη δράση.