Ο Hellboy επιστρέφει από την κόλαση στην Αγγλία, όπου πρέπει να νικήσει την παντοδύναμη μάγισσα Νίμουε, σύντροφο του Μέρλιν και γνωστή ως «Βασίλισσα του Αίματος» ή «Κυρά της Λίμνης» από τον μύθο του Αρθούρου. H Νίμουε βρίσκεται φυλακισμένη ως τη μέρα που θα καταφέρει να απελευθερωθεί και να συγκρουστεί σε μια επική μάχη με τον Hellboy, μια μάχη ικανή να φέρει το τέλος του κόσμου. Στόχος της η καταστροφή της ανθρωπότητας και ο μόνος που μπορεί να την σταματήσει είναι ο Hellboy. Πιο βίαιος, πιο αιμοδιψής και πιο σαρκαστικός από ποτέ.