Η Σοφία Παπαϊωάννου ήταν η πρώτη αρχισυντάκτρια των «ΦΑΚΕΛΩΝ» στα τρία πρώτα χρόνια της τηλεοπτικής τους ζωής. Στους πρώτους «ΦΑΚΕΛΟΥΣ» τον Οκτώβριο του 2000, παρουσίασε ένα αποκλειστικό ρεπορτάζ για τις τότε επερχόμενες αλλαγές στον ελληνικό ποινικό κώδικα. Δύο χρόνια αργότερα οι αλλαγές αυτές έπαιξαν καθοριστικό ρόλο στη σύλληψη των μελών της τρομοκρατικής οργάνωσης 17 Νοέμβρη. Στα επτά χρόνια των «ΦΑΚΕΛΩΝ» η Σοφία Παπαϊωάννου έχει παρουσιάσει ρεπορτάζ από σχεδόν ολόκληρη την Ευρώπη και την Αμερική. Με την κάμερα της εκπομπής έχει ταξιδέψει στην Ελβετία για να συναντήσει τη νύφη του Οσάμα Μπιν Λάντεν, στην κατεχόμενη Κύπρο για να αποκαλύψει τις αγορές σπιτιών από Βρετανούς και Ιρλανδούς βουλευτές, στο πετρελαιοπαραγωγό Ιράν και στην τελευταία πολεμική σύρραξη του Λιβάνου. Την τηλεοπτική χρονιά 2007-8 συνάντησε τον Υπουργό Εξωτερικών των Σκοπίων. Μερικά από τα σημαντικότερα ρεπορτάζ που έχει παρουσιάσει στους «ΦΑΚΕΛΟΥΣ» αφορούν στην εθνικιστική προπαγάνδα των σχολικών βιβλίων στα Σκόπια, στις αλυτρωτικές επιδιώξεις των Αλβανών εθνικιστών στα Τίρανα, στα ανεκτίμητα αρχεία μοναστηριών της Μακεδονίας που εκτίθενται σε κρατικά Βουλγαρικά μουσεία αλλά και στο πραγματικό πρόσωπο του σημερινού πρωθυπουργού της Τουρκίας. Η Σοφία Παπαϊωάννου συναντήθηκε για πρώτη φορά τηλεοπτικά με τον Αλέξη Παπαχελά και τον Τάσο Τέλλογλου στην εκπομπή «Μαύρο Κουτί» του MEGA CHANNEL το 1998. Προηγουμένως έκανε ρεπορτάζ για την δημοτική τηλεόραση της Νέας Υόρκης. Στην Ελλάδα έχει εργαστεί ακόμη στο τμήμα Διεθνών Ειδήσεων του ANT1 και στο γραφείο Ξένου Τύπου της Επιτροπής Διεκδίκησης των Ολυμπιακών Αγώνων. Η Σοφία Παπαϊωάννου σπούδασε αγγλική φιλολογία στο Πανεπιστήμιο Αθηνών και Ιστορία στο Deree College, ενώ έκανε μεταπτυχιακές σπουδές τηλεοπτικής δημοσιογραφίας στο New York University.