Ο Γκιμπς απορρίπτει κάθε πράκτορα που αποστέλλεται για να αντικαταστήσει τον Τόνι. Η Κουίν, η πράκτορας, που έχει αναλάβει την εκπαίδευση τους, ρωτάει τον Γκιμπς τι είναι αυτό που ψάχνει, στους ανθρώπους, που στελεχώνουν την ομάδα του.
Είναι η πρώτη μέρα της Κουίν και του Τόρες με την ομάδα NCIS και έχουν να διερευνήσουν έναν μυστηριώδη θάνατο σε μια επανένωση βετεράνων πρακτόρων του FBI. Η ομάδα κατά τη διάρκεια της έρευνας συγκεντρώνει στοιχεία για το θύμα και προσπαθούν να φτιάξουν το προφίλ του.
Η ομάδα NCIS ερευνά τη μοιραία πτώση μιας αξιωματικού από ένα κτίριο, όμως η γιατρός του θύματος συμβουλεύει εμπιστευτικά τον Γκιμπς να κάνει έρευνα για δολοφονία. Την ίδια στιγμή, ο Τόρες ψάχνει ένα μέρος για να μείνει.
Σε ένα αντιτορπιλικό ανακαλύπτεται η σορός ενός υποπλοιάρχου. Ο Γκιμπς, η Κουίν και ο Πάλμερ αναλαμβάνουν την έρευνα της υπόθεσης και μεταβαίνουν στο αντιτορπιλικό.
Ο πράκτορας της MI-6, Κλέιτον Ριβς καλεί την ομάδα NCIS και ενημερώνει ότι βρίσκεται στη Φιλαδέλφεια αναζητώντας έναν αγνοούμενο πράκτορα της υπηρεσίας του αλλά κατά τη διάρκεια της έρευνας του βρήκε έναν νεκρό ναύτη.
Ο Γκιμπς ενημερώνεται για την εξαφάνιση μιας υπαξιωματικού. Φαίνεται ότι τα δακτυλικά αποτυπώματα της βρίσκονται στο σημείο μιας δολοφονίας. Οι πράκτορες υποθέτουν ότι το θύμα την είχε απαγάγει και στην προσπάθεια της να ξεφύγει, τον σκότωσε.
Ο Τόρες παραβαίνει τους κανόνες όταν μαθαίνει ότι ο μάρτυρας για μια υπόθεση του NCIS καταζητείται. Την ίδια στιγμή, η Αμπι, η Μπίσοπ και ο ΜακΓκι καλοπιάνουν τον πατέρα του ΝτιΝόζο για να τους υπενοικιάσει το διαμέρισμά του.
Όταν ένας εφημέριος του Ναυτικού πεθαίνει σε ένα αυτοκινητιστικό ατύχημα, η ομάδα πηγαίνει στον τόπο του ατυχήματος αλλά εκεί τους περιμένει μια έκπληξη καθώς ο Ντάκι τους λέει, πως το θύμα πέθανε ώρες πριν από το ατύχημα.
Η ομάδα NCIS διερευνά από που προέρχονται μια σειρά κλιμακούμενων απειλών κατά της ζωής της Τζένα Φλέμινγκ, αντιπρόσωπο του Κογκρέσου. Ο Βανς αναλαμβάνει την επίβλεψη των μέτρων προστασίας της.
Η έρευνα της ομάδας NCIS για τη δολοφονίας ενός αξιωματικού του Πολεμικού Ναυτικού συνδέεται απρόσμενα με τη νεκρή μητέρα του Ντάκι και εκείνος έρχεται αντιμέτωπος με μια επιλογή, που έκανε πριν από 37 χρόνια.
H ομάδα NCIS αναζητά νέα στοιχεία όταν διακυβεύεται μια μυστική αποστολή, που τελικό στόχο της έχει τη σύλληψη ενός επιχειρηματία, που χρησιμοποιεί αθέμιτα μέσα για να χειραγωγήσει τη χρηματιστηριακή αγορά.
Όταν ο Γκιμπς εντοπίζει τον αδελφό ενός καταζητούμενου ύποπτου, οικειοποιείται μια ψεύτικη ταυτότητα και εισχωρεί ως μυστικός πράκτορας στην αντι-κυβερνητική τους οργάνωση.
Αφού εντοπίζει τον αδελφό του 'Νο.1 καταζητούμενου του NCIS', ο Γκιμπς υιοθετεί μια ψεύτικη ταυτότητα και διεισδύει στη διαβόητη παραστρατιωτική τους οργάνωση. Επίσης, η Μπίσοπ και ο Ριβς συνεργάζονται σε μια ανεπίσημη έρευνα.
Ένας καπετάνιος του Ναυτικού σκοτώνεται από ένα αμάξι, που τον παρασέρνει και εξαφανίζεται. Η ομάδα NCIS καλείται στο σημείο για να ερευνήσει την υπόθεση αλλά ο Πάλμερ βλέπει κάτι και φεύγει.
Η δολοφονία μιας υπαξιωματικού σε μια μικρή πόλη λίγο έξω από την Ουάσινγκτον αναγκάζει την ομάδα του NCIS να συνεργαστεί για άλλη μια φορά με την ομάδα 'The Sherlocks', μια ιδιωτική ομάδα ερευνητών, στην οποία είναι μέλος και ο πατέρας του ΝτιΝόζο.
Η ομάδα εργασίας της Άμπι που ασχολείται με θέματα ασφάλειας από την τρομοκρατία, δέχεται επίθεση και η ίδια απειλείται από μία πραγματική βόμβα. Η ομάδα του NCIS ανακαλύπτει ότι ο επικεφαλής της ομάδας εργασίας έχει δολοφονηθεί.
Η Μπίσοπ είναι πιο αποφασισμένη από ποτέ να πάρει εκδίκηση για τον θάνατο του συντρόφου της, Κασίμ. Ταυτόχρονα, ο Γκιμπς και η ομάδα ανακαλύπτουν ένα νέο στοιχείο για την υπόθεση Τσεν.
Ο ΜακΓκι βρίσκει το διαμέρισμά του ανακατεμένο από έναν ληστή ο οποίος προσπαθεί να εντοπίσει ένα αντικείμενο μεγάλης αξίας, κρυμμένο κάπου μέσα στο σπίτι από τον προηγούμενο ιδιοκτήτη, έναν καταδικασμένο εγκληματία.
I.A. Θέλοντας να ικανοποιήσουν την τελευταία επιθυμία ενός ναύτη, ο Γκιμπς και η υπόλοιπη ομάδα του NCIS επανεξετάζουν μία παλαιότερη υπόθεση δολοφονίας, που είχε αρχικά κριθεί ως δυστύχημα.
Ένας πεζοναύτης πέφτει θύμα δολοφονίας κατά τη διάρκεια μιας εκδήλωσης για βετεράνους. Η ομάδα NCIS αναλαμβάνει την έρευνα της υπόθεσης και θα πρέπει να βασιστεί στην κατάθεση του Χένρι Ρότζερς, ενός οξύθυμου, βετεράνου.
Ο ΜακΓκι και η ομάδα NCIS αναλαμβάνουν να εντοπίσουν το συντομότερο δυνατό τον χάκερ, που 'μόλυνε' τον φορητό υπολογιστή ενός αντιναυάρχου, πριν ο ιός του υπολογιστή διαγράψει τα προσωπικά και επαγγελματικά του αρχεία.
Η ομάδα NCIS αναγκάζεται να ανατρέξει στα αρχεία μιας παλιότερης υπόθεσης, όταν η δολοφονία ενός πεζοναύτη συνδέεται με τα μέλη μιας πρώην συμμορίας μοτοσικλετιστών, στην οποία είχε διεισδύσει στο παρελθόν ο Τόρες, στο πλαίσιο μιας μυστικής επιχείρησης.
Ένας αξιωματικός βρίσκεται δολοφονημένος σε ένα Εθνικό Πάρκο. Ο Γκιμπς και η ομάδα NCIS, ενώνουν τις δυνάμεις τους με την τοπική αξιωματικό Μέι Ντόσον, για να λύσουν το μυστήριο της δολοφονίας αλλά και μια σειρά όμοιων εγκλημάτων στο πάρκο.
Το τεράστιο άγχος για την οργάνωση του επικείμενου γάμου της με τον ΜακΓκι, καταβάλει την Ντελάιλα, η οποία καταλήγει στο νοσοκομείο. Την ίδια ώρα, η ομάδα NCIS μεταβαίνει σε ένα αντιτορπιλικό όταν ένας νέος και υγιής υπαξιωματικός πεθαίνει μυστηριωδώς στον ύπνο του.
Φινάλε 14ου κύκλου. Ο Γκιμπς, ο ΜακΓκι και ο Τόρες ταξιδεύουν σε μια περιοχή της Παραγουάης που ελέγχεται από αντάρτες, για να εντοπίσουν έναν βατραχάνθρωπο που εξαφανίστηκε κατά τη διάρκεια ενός μη εγκεκριμένου από το Ναυτικό ταξιδιού.
