Ο 2ος κύκλος συνεχίζει μετά τα συγκλονιστικά γεγονότα του τελευταίου επεισοδίου του 1ου κύκλου, με τους κατοίκους του Wayward Pines να μάχονται ενάντια στην αυστηρή διακυβέρνηση της Πρώτης Γενιάς.