Η ζωή είναι πολύ όμορφη για τον ελέφαντα Σεμπαστιάν και την κολλητή του φίλη, τη γάτα Μίτσο, μέχρι που, ξαφνικά, ο δήμαρχος της ηλιόλουστης πόλης τους εξαφανίζεται μυστηριωδώς. Εντούτοις, πριν εξαφανιστεί, ο δήμαρχος προλαβαίνει να στείλει ένα μήνυμα μέσα σε ένα μπουκάλι, ενημερώνοντας ότι έχει ναυαγήσει στο Μυστηριώδες Νησί και ότι έχει κάνει μια τρομερά σπουδαία ανακάλυψη.
Μέσα στο μπουκάλι υπάρχει κι ένας σπόρος που οι δύο φίλοι, ο Σεμπαστιάν και η Μίτσο, φυτεύουν και την επόμενη μέρα διαπιστώνουν ότι στη θέση του έχει φυτρώσει ένα γιγάντιο αχλάδι. Από το τεράστιο αυτό φρούτο, που αρχικά μετατρέπεται σε σπίτι, ο ιδιοφυής καθηγητής Γκλουκόζ, κατασκευάζει ένα πλοίο με το οποίο σαλπάρουν οι ήρωές μας για το νησί, προκειμένου να βρουν το δήμαρχο του νησιού τους, μολονότι και οι δυο τους δεν τα πάνε καλά με το νερό...
Στο δρόμο τους για το νησί, οι δύο φίλοι, ο λογικός Σεμπάστιαν και η περιπετειώδης Μίτσο, θα συναντήσουν πειρατές, ένα θαλάσσιο δράκο και διάφορα περίεργα φαντάσματα, αλλά τίποτα δεν μπορεί να τους αποτρέψει από την ολοκλήρωση της επικίνδυνης αποστολής τους.