Τα πειράματα της γιατρού Σούζαν Μακ Άλιστερ είναι στα πρόθυρα να γράψουν ιστορία στην ιατρική. Χρησιμοποιώντας καρχαρίες, που αποτελούν τις πιο γρήγορες και τέλειες φονικές μηχανές της φύσης η Μακ Άλιστερ ελπίζει να βρει το κλειδί για την ανάπλαση του ιστού του ανθρώπινου εγκεφάλου. Αλλά για να φτάσει στο στόχο της, αναγκάζεται να παραβεί δεοντολογικούς κανόνες, αναπλάθοντας γενετικά το DNA των καρχαριών, κάνοντάς τους πιο έξυπνους, πιο γρήγορους μετατρέποντάς τους από επικίνδυνα αρπακτικά σε ακόμα πιο αρπακτικά τέρατα. Υπό το άγρυπνο βλέμμα του οικονομικού επενδυτή Ράσελ Φράνκλιν, η Σούζαν και η ομάδα της αποσπούν με επιτυχία εγκεφαλικό ιστό από τον μεγαλύτερο καρχαρία , μόνο και μόνο για να δουν με τρόμο δευτερόλεπτα μετά τον καρχαρία να παίρνει εκδίκηση και να προκαλεί ανεπανόρθωτη ζημιά στις ερευνητικές εγκαταστάσεις. Με μια τροπική καταιγίδα να μαίνεται και ενώ το «Ακουάτικα» βυθίζεται, οι επιστήμονες κι οι εργαζόμενοι καταδιώκονται από την νέα γενιά καρχαριών και παλεύουν ενάντια στα φονικά τέρατα, που οι ίδιοι δημιούργησαν.