Ο αγώνας ενάντια στην εφιαλτική κυριαρχία των Μηχανών συνεχίζεται. Η Ζάιον αποτελεί το μοναδικό προπύργιο αντίστασης των ανθρώπων. Τώρα πια, όμως, διαθέτουν ένα σημαντικό πλεονέκτημα. Στο πλάι τους βρίσκεται ο Νίο, ο Εκλεκτός, που χρησιμοποιεί τις υπερδυνάμεις του για να συντρίβει τον μεταλλικό εχθρό. Παρόλα αυτά, άσχημα νέα περιμένουν την Αντίσταση: 250.000 Μηχανές – Φρουροί ανοίγουν σήραγγα με στόχο την Ζάιον και εκτιμάται πως πρόκειται να φτάσουν εκεί μέσα σε 72 ώρες! Και ενώ οι αντάρτες της Ζάιον ετοιμάζονται για την τελική αναμέτρηση, η Όρακλ συμβουλεύει τον Νίο, τον Μορφέα και την Τρίνιτι να προσεγγίσουν τον Κλειδοκράτορα καθώς αυτός διαθέτει προσβάσεις σε όλες τις «πόρτες» και φαίνεται να είναι η μοναδική ελπίδα της ανθρωπότητας. Παράλληλα, ο πράκτορας Σμιθ παρακούει το σύστημα, που διέταξε τη διαγραφή του, και τώρα είναι ελεύθερος με μοναδικό σκοπό την εξόντωση του Νίο...