ας και είχε την ευθύνη της εκπροσώπησης του κόμματος της στην Ευρωπαϊκή Δημοκρατική Ένωση (EDU) και στην Διεθνή Δημοκρατική Ένωση (IDU).

Στις 29 Απριλίου 1994, εξελέγη από το Γ΄ Συνέδριο της Νέας Δημοκρατίας στην Κεντρική Επιτροπή του κόμματος. Στο Δ΄ Συνέδριο, στις 22 Μαρτίου του 1997, επανεξελέγη στην Κεντρική Επιτροπή, η οποία, στη συνέχεια, την εξέλεξε για δύο θητείες στην Εκτελεστική Επιτροπή της Νέας Δημοκρατίας. Τον Σεπτέμβριο του 1997, ορίστηκε από τον Πρόεδρο της Νέας Δημοκρατίας Κ. Καραμανλή υπεύθυνη του τομέα Ανάπτυξης της Νέας Δημοκρατίας και από τον Μάιο του 2000 ορίστηκε Υπεύθυνη του τομέα Εξωτερικών Υποθέσεων και Άμυνας της Νέας Δημοκρατίας.

Στις 29 Μαρτίου του 2002, κατά τη διάρκεια της συνεδρίασης της Κοινοβουλευτικής Ομάδας της ΝΔ, αποδέχθηκε την πρόταση του Πρόεδρου του κόμματος Κ. Καραμανλή, να είναι υποψήφια Δήμαρχος της Αθήνας στις δημοτικές εκλογές του Οκτωβρίου του 2002.

Στις 20 Οκτωβρίου του 2002 εξελέγη η πρώτη γυναίκα στην ιστορία της πόλης των Αθηνών Δήμαρχος Αθηναίων, με ποσοστό 60,6%, που είναι το μεγαλύτερο που έχει πάρει ποτέ δήμαρχος στο δήμο της Αθήνας.

Στις 15 Φεβρουαρίου 2006 ανέλαβε τα καθήκοντα του Υπουργού Εξωτερικών στην κυβέρνηση Καραμανλή. Τον Σεπτέμβριο του 2006 η Ελλάδα άσκησε την Προεδρία του Συμβουλίου Ασφαλείας των Ηνωμένων Εθνών. Στις εκλογές της 16ης Σεπτεμβρίου 2007, ήταν υποψήφια στην Α' Αθηνών, όπου και εξελέγη για άλλη μία φορά πρώτη. Στη νέα κυβέρνηση της Νέας Δημοκρατίας ανέλαβε εκ νέου Υπουργός Εξωτερικών.
Τον Ιούνιο 2008 η Ντόρα Μπακογιάννη εξελέγη στην Γαλλική Ακαδημία Ανθρωπιστικών και Πολιτικών Επιστημών ως ξένος εταίρος. Τον Ιανουάριο του 2009 η Ελλάδα ανέλαβε την προεδρία του Οργανισμού για την Ασφάλεια και την Συνεργασία στην Ευρώπη (ΟΑΣΕ) και τον Ιούνιο φιλοξενήθηκε στην Κέρκυρα με ιδιαίτερη επιτυχία η Άτυπη Σύνοδος των υπουργών Εξωτερικών των κρατών-μελών του ΟΑΣΕ.

Στις εκλογές της 4ης Οκτωβρίου 2009 εξελέγη για άλλη μια φορά πρώτη σε ψήφους βουλευτής στην Α΄Αθηνών. Στις εσωκομματικές εκλογές της 29 Νοεμβρίου 2009 για την ανάδειξη νέου προέδρου στη Νέα Δημοκρατία έλαβε σύμφωνα με τα αποτελέσματα που ανακοίνωσε ο πρόεδρος της Κεντρικής Εφορευτικής Επιτροπής κ. Δημήτρης Σιούφας 306.625 ψήφους και ποσοστό 39,72%. Στις 6 Μαίου 2010 με αφορμή την απόφασή της να υπερψηφίσει στη Βουλή το μηχανισμό στήριξης της ελληνικής οικονομίας διεγράφει από την κοινοβουλευτική ομάδα και το κόμμα της Νέας Δημοκρατίας με απόφαση του Αντώνη Σαμαρά.

Tον Νοέμβριο του 2010 ηγήθηκε πρωτοβουλίας πολιτών που ίδρυσαν το πολιτικό κίνημα της Δημοκρατικής Συμμαχίας

Διακρίσεις

Τον Μάρτιο του 1992 απονεμήθηκε στην Ντόρα Μπακογιάννη από το Διεθνές Κέντρο Γυναικών το βραβείο «International Leadership Award» και τον Ιούνιο του 1993 της απονεμήθηκε διάκριση από το 14ο Διεθνές Συμπόσιο «Fontana di Roma», ως εξέχουσα προσωπικότητα στο χώρο του Πολιτισμού.

Το 2003 μετά από πρόσκληση του τότε προέδρου της Ευρωπαϊκής Επιτροπής Ρομάνο Πρόντι συμμετείχε μαζί με άλλες 12 επιφανείς προσωπικότητες της Ευρώπης στην Στρογγυλή Τράπεζα που υπέβαλε προτάσεις για τον κοινωνικό χαρακτήρα, την πολιτισμική ταυτότητα αλλά και το οικονομικό σχέδιο της νέας Ευρώπης.

Το Δεκέμβριο του 2005, εξελέγη «World Mayor» στον ετήσιο διεθνή διαγωνισμό που διοργανώνεται από τον οργανισμό «City Mayors» λαμβάνοντας τις περισσότερες ψήφους και θετικά σχόλια ανάμεσα σε 550 Δημάρχους από ολόκληρο τον κόσμο. Το 2008, απονεμήθηκε στην Ντόρα Μπακογιάννη από την επαρχία του Τυρόλου και την πόλη του Ίνσμπρουκ το βραβείο Maximilian Award - European Award for Regional Policy and Local Government. Την ίδια χρονιά έγινε δεκτή στο Παρίσι ως η πρώτη γυναίκα ξένη εταίρος της Ακαδημίας Ανθρωπιστικών και Πολιτικών Επιστημών της Γαλλίας και ανακηρύχθηκε στο Σάλτσμπουργκ της Αυστρίας επίτιμη Συγκλητικός της Ευρωπαϊκής Ακαδημίας Επιστημών και Τεχνών. Το 2006, 2007 και 2008 το περιοδικό «Forbes» την περιέλαβε στη λίστα με τις 100 ισχυρότερες γυναίκες του πλανήτη. Τον Απρίλιο του 2010 της απονεμήθηκε το παράσημο της Εθνικής Τάξης της Λεγεώνας της Τιμής.